O Programa de Pós-doutoramento do PROURB iniciou-se em 2005, fruto da política institucional e demanda de doutores nacionais e estrangeiros de outras instituições de ensino superior para realização de estágios pós-doutoral e de pesquisa. Este programa amplia as possibilidades de nucleação do PROURB, trazendo desdobramentos institucionais relevantes. Pode-se citar, por exemplo, a criação do Programa de Pós-graduação em Arquitetura e Urbanismo da UFES cujo primeiro coordenador realizou estágio de pós-doutoramento no PROURB. A institucionalização do pós-doutorado no programa está prevista nas normas da pós-graduação da UFRJ. Como requisito interno do PROURB, é necessário que um coordenador de grupo de pesquisa do programa apresente ao Colegiado a proposta de pós-doutoramento. Esta proposta constará de projeto de pesquisa, plano de atividades e currículo do proponente.A proposta é apreciada por comissão competente, cuja decisão é posteriormente submetida à homologação pelo Colegiado do programa. Em 2006 o programa recebeu os primeiros pós-doutorandos no âmbito do novo formato, os quais receberam bolsas do CNPq e da CAPES. Desde então, o fluxo de pós-doutores tem sido constante no PROURB.