O PROURB recebe cotas de bolsas de mestrado e doutorado de diversas agências. Atualmente, participa do sistema PROAP, tendo as bolsas da CAPES administradas pela PR-2 da UFRJ. Somam-se a essas as bolsas oferecidas pelo CNPq e pela FAPERJ.
A comissão de bolsas é a responsável pela atribuição de bolsas, conforme normas das agências e do Programa. O Programa oferece também bolsas de mestrado e doutorado sanduíche, de acordo com a disponibilidade oferecida pelas agências de fomento. Além disso, recebe alunos da América Latina e África com bolsas PEC/PG da CAPES, e alunos de instituições estrangeiras com bolsas de seus países de origem.